马来西亚检验检疫局成立于2011年，隶属于农业和农产品产业部，作为其下属的一个司负责所有入境口岸（包括海港、机场、陆地口岸以及邮件和快递收发中心）、检疫站、建议设施的检验检疫工作以及颁发有关植物、动物、冷冻肉制品、鱼类、农产品、土壤和微生物等产品的进出口许可证。为防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物传入，马来西亚政府对进口动植物实施检验检疫。如携带动植物入境，需事先向马来西亚相关主管部门申请进口许可证并在入境时遵守各项检验检疫程序。
马来西亚要求所有肉类、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必须来自经农业部兽医服务局检验和批准的工厂，所有进口产品必须获得兽医服务局颁发的进口许可证。所有向穆斯林供应的肉类、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必须通过清真认证，牛、羊、家禽的屠宰场以及肉蛋加工设备必须获得伊斯兰发展署（JAKIM）的检验和批准。
海关管理规章制度
【管理机构】马来西亚皇家海关是管理商品的进出口、边境控制以及贸易便利化的政府部门。
【管理制度】马来西亚关税有两种归类系统：一种用于东盟内部贸易，税则号为 6 位数字；另一种用于与其他国家贸易。国际贸易及工业部下属关税特别顾问委员会负责对关税进行评审，每年在政府预算中公布。
【关税水平】马来西亚 99.3%的关税是从价税，0.7%是从量税、混合税和选择关税。世界贸易组织公布数据显示，2016 年，马来西亚最惠国关税简单平均关税税率约为 5.8%，农产品最惠国平均简单关税税率为 8.4%，非农产品该税率为 5.4%。
【金融管制】无论是马来西亚居民还是非居民，每次出入马来西亚所携带外币或旅行支票数额不受限制，但如超过 10000 美元，则需向海关申报；非居民携带外币或旅行支票出境，如数额在入境时申报的数额内，不受限制；如需携带超过数额限制的现金或旅行支票出境，需事先向马来西亚国家银行取得书面许可。
【海关舱单】近期，马来西亚海关对关于海关舱单的规定做出了修改，规定自 2018 年 10 月 1 日起所有从马来西亚进出口及中转的货物，客户必须提供样单中货物描述部分正确的６位货物 HS 编码。缺失 HS CODE 或信息有误，将会影响货物在马来西亚清关放行，并可能造成海关罚款或其他责任后果。
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